На 22.06.1941 года дислоцировалась в Выборге, кроме 272-го стрелкового полка, находящегося на границе севернее Выборга. С 23.06.1941 начала занимать позиции на участке прикрытия границы, длиной в 50 километров, начиная от Финского залива. Участвовала в Выборгско-Кексгольмской оборонительной операции (29.06—23.09.1941). На участке дивизии стороны до 31.07.1941 активных действий не вели и даже после перехода финских войск в общее наступление, дивизию активно не атаковали вплоть до конца августа 1941 года. Только в двадцатых числах августа 1941 дивизия по приказу начала отход от линии границы, была расчленена, частью прижата наступающими финскими войсками 25.08.1941 к берегу Финского залива в районе Койвисто, отошла сначала на Берёзовые острова, а затем кораблями Балтийского флота была вывезена в Кронштадт. Оставшаяся небольшая часть отошла в Выборг и 25-26.08.1941 была окружена юго-восточнее города вместе остатками других частей 23-й армии, остатками также вышла к Койвисто, откуда они были эвакуированы.
В начале сентября 1941 дивизия вновь развёрнута на Карельском перешейке на рубеже Карельского УР в составе 23-й армии Ленинградского фронта. Здесь оборонялась в Елизаветинском и Лемболовском БРО совместно с 154-м отдельным пулемётно-артиллерийским батальоном, действовала там до октября 1942, занимая позиционную оборону, затем дивизию сняли с оборонительных рубежей и отвели в ближний тыл на переформирование.
В декабре 1942 переброшена на юго-восточный сектор кольца Ленинградской блокады и включена в 67-ю армию Ленинградского фронта, в составе которой участвовала в наступательной операции «Искра» (12-30.01.1943). В ходе операции введена в бой только на третий день наступления, на правом фланге 136-й стрелковой дивизии, с задачей поддерживать контратакованную 268-ю стрелковую дивизию. Полкам дивизии были поставлены следующие задачи: 255-му стрелковому полку — преодолев Неву, броском через боевые порядки 268-й стрелковой дивизии, с ходу атаковать противника в направлении рощи «Ландыш», затем треугольник железных дорог, выйти на железнодорожную линию, и овладеть рабочим поселком, а в дальнейшем наступать на северо-восточную окраину поселка Синявино, 272-му стрелковому полку — наступать через Марьино на высоту 22,4, выйти к узкоколейной железной дороге и нанести удар по восточной окраине Синявино, 245-му стрелковому полку — во взаимодействии с 272-м стрелковым полком атаковать рощу «Мак» и наступать на юго-западную окраину Синявино. Ведёт, совместно с частями 152-й танковой бригады, тяжёлое наступление, медленно продвигаясь вперёд, к концу дня 17.01.1942 части дивизии вышли на линию Рабочий поселок — треугольник железной дороги. В ночь на 19.01.1942 января 123-я стрелковая дивизия передала свой боевой участок 13-й стрелковой дивизии полковника В. К. Якутовича и отведена в резерв, за исключением 272-го стрелкового полка, который был направлен в помощь 102-й стрелковой бригаде, перед которой была поставлена задача уничтожить войска противника в 8-й ГЭС.